宁夏医科大学档案管理工作始于1958年9月。1988年1月，学校成立综合档案室（科级建制），隶属于院长办公室，将文书、财务档案集中管理。2009年5月，学校成立档案馆，2010年4月26日档案馆揭牌，开始全面履行学校档案的管理工作。学校档案馆（校史馆）现为中国高等教育学会档案工作分会理事单位、中国高等教育学会校史研究分会会员单位、西部7省区高校档案联盟单位。

宁夏医科大学档案馆（校史馆），属正处级建制，内设办公室、档案收集保管室、档案信息技术室、校史馆管理室四个内设机构。档案馆/学报编辑部属一个直属党支部，书记1人。现有档案管理人员7人，馆长1人，副馆长1人；在职研究生学历2人，大学学历5人；具有副高级以上职称人员4人，党员5人。建有独立库房、查档室、接档室、电子阅档室、数字化室、采访室和实物陈列室等，总建筑面积约1759㎡。2013年9月15日，学校设立校史馆，总建筑面积是1800㎡，并挂靠档案馆。

档案馆现有馆藏五个全宗，14个档案门类。

党的十八大以来，学校档案馆（校史馆）坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，始终牢记“档案工作姓党”的政治属性，忠实履行“为党管档、为国守史、为民服务”的神圣职责，以服务见证历史和未来，恪守“甘于清贫、乐于奉献、勤于思考、善于学习”的馆训，弘扬“严谨笃实，热情周到，团结协作，勤勉进取”馆风，坚持“依法治档、规范管档、丰富馆藏”工作目标，切实加强档案治理体系、资源体系、利用体系和安全体系建设。学校档案馆先后荣获全区档案工作先进集体、全区档案工作检查优秀单位、荣获学校表扬部门。

档案馆围绕学校中心工作，坚守初心，不负使命，勇于担当，履职尽责、奋发有为，充分发挥档案在学校“存史、治理、资政、育人”等方面的重要作用，服务于学校中心工作，服务于广大师生、校友和社会，不断推进我校档案工作迈向新的台阶，为学校推进“双一流”建设，为学校的各项事业发展做好基础服务。